Viroloji

< < < Home

Katkıda:
Zekeriya Temircan
Füsun Ferda Erdoğan

 

Bu sayfa yapım aşamasındadır.

Yazar yakında açıklanacak.

 

Koronavirüsler çeşitli hayvanlarda ve insanlarda bulunur.  Bu zarflanmış virüsler, tek bir pozitif algılamalı RNA ipliği içerir. Viryonlar çoğunlukla küreseldir, zarf içine gömülü belirgin çivili glikoprotein (S) vardır.  İlave yapısal proteinler arasında zarf (E), matris (M) ve nükleokapsid (N) bulunur.  Coronaviridae ailesi dört cins, alfa-, beta-, delta- ve gammacoronavirus içerir, bunun yanı sıra birkaç alt tür ve diğer türleri bulunur.  Koronavirüs genomları üzerindeki filogenetik analiz, SARS-CoV-2’nin betacoronavirüs cinsinin yeni bir üyesidir ve  ciddi akut solunum sendromu ile ilişkili bir koronavirüs (SARS-CoV) türüdür, Orta Doğu solunum sendromu ile ilişkili koronavirüs (MERS-CoV), SARS ile ilgili koronavirüslerin (SARSr-CoV) yanı sıra, insanlarda ve çeşitli hayvan türlerinde tanımlanan diğerleridir.  CoV’lerin türler arası ve türler arası iletimi ve genetik rekombinasyon olayları yeni CoV zincirinin ortaya çıkmasına katkıda bulunur.  SARS-CoV-2, SARS-CoV ve yarasa SARS benzeri CoV’ler ile birlikte Sarbecovirus alt türü ile taksonomik olarak ilişkilidir. Genomik sekanslama, SARS-CoV-2’nin yarasalarda tespit edilen, ancak SARS-CoV’den farklı olan betacoronavirüslerle yakından ilişkili olduğunu gösterdi. Aşağıdaki bölümlerde, farklı konularda bazı önemli makaleler yer almaktadır.

Taksonomi

Lütfen bu çalışmaların yorumlarını kontrol edin.

Uluslararası Virüs Taksonomisi Komitesi Coronaviridae Çalışma Grubu.  Ciddi akut solunum sendromu ile ilişkili koronavirüs türleri: 2019-nCoV’yi sınıflandırmak ve SARS-CoV-2 olarak adlandırmak. Nat Microbiol. 2020 Nisan; 5 (4): 536-544.  PubMed: https://pubmed.gov/32123347. Tam metin: https://doi.org/10.1038/s41564-020-0695-z

Coronaviridae ailesindeki SARS-CoV-2’nin (geçici olarak 2019-nCoV olarak adlandırılır) yerini tanımlayan bir konsensüs bildirimi.

 

Ceraolo C, Giorgi FM. 2019-nCoV koronavirüsün genomik varyansı. J Med Virol. 2020 Mayıs; 92 (5): 522-528. PubMed: https://pubmed.gov/32027036. Tam metin: https://doi.org/10.1002/jmv.25700

Farklı hastalardan alınan 56 genomik sekansın analizi, yüksek sekans benzerliği gösterir (>% 99). Esas olarak ORF8 lokusunda (aksesuar proteinleri kodlayan) birkaç değişken genomik bölge vardır.

 

Zhou P, Yang XL, Wang XG, vd. Muhtemel yarasa kaynaklı yeni bir koronavirüs ile ilişkili pnömoni salgını. Doğa. 2020 Mar; 579 (7798): 270-273. PubMed: https://pubmed.gov/32015507. Tam metin: https://doi.org/10.1038/s41586-020-2012-7

Salgının erken bir aşamasında beş hastadan alınan tam uzunluktaki genom dizileri, SARS-CoV’ye% 79.6 ve yarasa koronavirüsüne% 96 dizi özdeşliği gösterir.

Genomik Varyasyon

MacLean O, Orton RJ, Singer JB, et al. No evidence for distinct types in the evolution of SARS-CoV-2.  Virus Evolution. Full-text: https://doi.org/10.1093/ve/veaa034

Genomik verileri gerektiğinden fazla yorumlamayın! Bu yazıda yazarlar, viral bir mutasyonun fonksiyonel bir etkisinin varlığını veya doğasını göstermedeki zorlukları tartışmakta ve aşırı yorumlamaya karşı tavsiyelerde bulunmaktadır.

 

Zhang X, Tan Y, Ling Y, et al. Viral and host factors related to the clinical outcome of COVID-19. Nature (2020). Full-text: https://doi.org/10.1038/s41586-020-2355-0

Viral varyantlar sonucu etkilemez. 326 vaka üzerinde yapılan bu önemli çalışma, Wuhan’daki salgının erken safhasında farklı maruziyet öyküsü olan en az iki ana soy bulunmuştur. Bu farklı klapelerle enfekte hastalar klinik özellikler, mutasyon oranları veya geçirgenlik açısından önemli farklılıklar göstermemiştir.

Kökeni ve Ana Yuvası

Andersen KG, Rambaut A, Lipkin WA, Holmes EC, Garry RF. SARS-CoV-2’nin proksimal kaynağı. Doğa Tıbbı. Yayınlanma: 17 Mart 2020. Tam Metin: https://www.nature.com/articles/s41591-020-0820-9

Alfa ve betacoronavirüslere kıyasla SARS-CoV-2’nin önemli genomik özelliklerini gözden geçirin. Kökene dair bilgiler, bu virüsün bir laboratuvar yapısı veya amaçlı olarak manipüle edilmiş bir virüs olmadığını açıkça göstermektedir.

 

Cui J, Li F, Shi ZL. Patojenik koronavirüslerin kökeni ve evrimi. Nat Rev Microbiol. 2019 Mar; 17 (3): 181-192. PubMed: https://pubmed.gov/30531947. Tam metin: https://doi.org/10.1038/s41579-018-0118-9

SARS-CoV ve MERS-CoV muhtemelen yarasalardan kaynaklanmıştır.

 

Lam TT, Shum MH, Zhu HC ve diğ. Malayan pangolinlerdeki SARS-CoV-2 ile ilişkili koronavirüslerin tanımlanması. Doğa. 2020 Mart 26. pii: 10.1038 / s41586-020-2169-0. PubMed: https://pubmed.gov/32218527. Tam metin: https://doi.org/10.1038/s41586-020-2169-0

Malayan pangolin ara konakçı olarak mı davranıyor? Metagenomik sekanslama, reseptör bağlanma alanındaki SARS-CoV-2 ile güçlü benzerlik gösteren pangolin ile ilişkili koronavirüsleri tanımladı.

 

Xiao K, Zhai J, Feng Y, et al. Isolation of SARS-CoV-2-related coronavirus from Malayan pangolins. Nature. 2020 May 7. PubMed: https://pubmed.gov/32380510. Full-text: https://doi.org/10.1038/s41586-020-2313-x

Bir yaban hayatı kurtarma merkezinde, yazarlar 25 Malaya pangolininde (bazıları çok hasta) bir koronavirüs buldular ve  farkli genlerde SARS-CoV-2 ile %90-100 amino asit kimliği gostermistir. Karşılaştırmalı genomik analiz, SARS-CoV-2’nin, Pangolin-CoV benzeri bir virüsün Bat-CoV-RaTG13 benzeri bir virüsle yeniden birleşmesinden kaynaklanmış olabileceğini düşündürmektedir. Pangolin-CoV’nin RBD’si SARS-CoV-2 ile hemen hemen aynı olduğundan, pangolinlerdeki virüs halk sağlığı için gelecekteki potansiyel bir tehdidi önler. Pangolinler ve yarasalar noc-turnal hayvanlardır, böcekleri yerler ve üst üste binen ekolojik nişleri paylaşırlar, bu da pangolinleri ideal ara konak yapar. Yasadışı pangolin ticaretini durdurun!

 

Zhang T, Wu Q, Zhang Z. COVID-19 Salgını ile ilişkili SARS-CoV-2’nin Olası Pangolin Kökeni. Curr Biol. 2020 13 Mart. Pii: S0960-9822 (20) 30360-2. PubMed: https://pubmed.gov/32197085. Tam metin: https://doi.org/10.1016/j.cub.2020.03.022

Bu çalışma, pangolin türlerinin SARS-CoV-2 benzeri CoV’lerin doğal bir rezervuarı olduğunu düşündürmektedir. Pangolin-CoV sırasıyla SARS-CoV-2 ve Bat-CoV RaTG13 ile% 91.0 ve% 90.6 özdeşti.

 

Zhou H, Chen X, Hu T, et al. A Novel Bat Coronavirus Closely Related to SARS-CoV-2 Contains Natural Insertions at the S1/S2 Cleavage Site of the Spike Protein. Curr Biol. 2020 May 11. PubMed: https://pubmed.gov/32416074. Full-text: https://doi.org/10.1016/j.cub.2020.05.023

 

Yeni bir yarasadan türetilen koronavirüs, 2019 yılında Yun-nan Eyaletinden toplanan 227 yarasanın örneklerinin metagenomik analizinden tanımlanmıştır. RmYN02, SARS-CoV-2 ile tam genom ölçeğinde % 93.3 nükleotid kimliğini ve bugüne kadar bildirilen SARS-CoV-2’nin en yakın akrabası olduğu laboratuvar geninde % 97.2 oranında aynı olduğu paylaşılmaktadır. Bununla birlikte, RmYN02 reseptör bağlanma domeninde düşük sekans özdeşliği (% 61.3) gösterdi ve ACE2’ye bağlanamayabilir.

Virüsün stabilitesi ve bulaşması

Chin AW, Chu JT, Perera MR, vd. SARS-CoV-2’nin farklı çevresel koşullarda kararlılığı. 02 Nisan Lancet Microbe 2020. DOI: https: //doi.org/10.1016/S2666-5247 (20) 30003-3. Tam metin: https://www.thelancet.com/journals/lanmic/article/PIIS2666-5247(20)30003-3/fulltext

SARS-CoV-2, 4 ° C’de (14. günde neredeyse hiç azalma olmadı) oldukça kararlıydı, ancak ısıya karşı duyarlıydı (70 ° C: inaktivasyon 5 dakika, 56 °: 30 dakika, 37 °: 2 gün). Aynı zamanda yüzeye de bağlıdır: 3 saat sonra baskı ve doku kağıtlarından, 2. günde işlenmiş ahşap ve kumaştan, 4. günde cam ve banknotlardan, 7. günde paslanmaz çelik ve plastikten bulaşıcı virüsler kurtarılamaz. 7. günde bir cerrahi maskenin dış tabakasında saptanabilir bir enfeksiyöz virüs seviyesi (orijinal inokulumun <% 0’ı> 1’i) hala mevcuttu.

 

Kim YI, Kim SG, Kim SM, vd. Ferretlerde SARS-CoV-2’nin Enfeksiyonu ve Hızlı İletimi. Hücre Konakçı Mikrop. 2020 5 Nisan. Pii: S1931-3128 (20) 30187-6. PubMed: https://pubmed.gov/32259477. Tam metin: https://doi.org/10.1016/j.chom.2020.03.023.

Gelincikler, virüsü enfeksiyondan 8 gün sonrasına kadar nazal yıkama, tükürük, idrar ve dışkıya döker. SARS-CoV-2 terapötikleri ve aşılarının geliştirilmesini kolaylaştırabilecek bir COVID-19 enfeksiyonu ve bulaşma hayvan modeli temsil edebilirler.

 

Leung NH, Chu Dk, Shiu EY. Ekshale solunumda solunum virüsü dökülmesi ve yüz maskelerinin etkinliği. Nature Med 2020, 3 Nisan. https://doi.org/10.1038/s41591-020-0843-2

Hong Kong tarafından yapılan bu çalışma (2013-16 gerçekleştirildi), solunum damlacıkları ve ekshale nefeste aerosollerde nicel virüs.  Toplamda 111 katılımcı (mevsimsel koronavirüs, grip veya rinovirüs ile enfekte) basit bir cerrahi yüz maskesi takmak veya takmamak için randomize edildi.  Sonuçlar, maskelerin hasta insanlar tarafından ileriye doğru iletimi azaltmak için kullanılabileceğini düşündürmektedir. Solunum damlacıklarında mevsimsel koronavirüs, yüz maskesi olmadan toplanan 3/10 (aerosoller: 4/10) örneklerde, ancak yüz maskesi takan katılımcıların 0/11 (0/11) örneklerinde tespit edildi.  İnfluenza virüsleri maskeli 6/23 (8/23), maskeli 1/27 (aerosol 6/27!) İle karşılaştırıldı. Rinovirüs için anlamlı bir fark yoktu.  Dikkat çekici bir şekilde, yazarlar ayrıca 30 dakikalık ekshalasyonlu nefes toplama sırasında hiç öksürmeyen bazı katılımcılarda virüs belirlediler ve belirgin bir belirti veya semptomları olmayan bireylerden damlacık ve aerosol bulaşma yollarını önerdiler.

 

Shi J, Wen Z, Zhong G, vd. Gelincikler, kediler, köpekler ve diğer evcil hayvanların SARS-koronavirüs 2’ye duyarlılığı. Bilim. 2020 8 Nisan. Pii: science.abb7015. PubMed: https://pubmed.gov/32269068. Tam metin: https://doi.org/10.1126/science.abb7015

SARS-CoV-2 köpeklerde, domuzlarda, tavuklarda ve ördeklerde yetersiz çoğalır. Bununla birlikte, yaban gelinciği ve kediler enfeksiyona izin verir ve kediler hava yoluyla bulaşan enfeksiyonlara karşı hassastır.  Ama kedi sahipleri rahatlayabilir. Deneyler, muhtemelen gerçek hayatta bulunandan daha fazla, yüksek dozda virüse maruz kalan az sayıda kedi üzerinde yapıldı. Kedilerin insanlara geçmesi için yeterli koronavirüs salgılayıp salgılamadığı da belirsizliğini koruyor.

 

van Doremalen N, Bushmaker T, Morris DH, vd. SARS-CoV-1 ile karşılaştırıldığında SARS-CoV-2’nin Aerosol ve Yüzey Stabilitesi. N Engl J Med. 2020 17 Mart. PubMed: https://pubmed.gov/32182409. Tam metin: https://doi.org/10.1056/NEJMc2004973

SARS-CoV-2’nin stabilitesi, SARS-CoV-1’inkine benzerdi, bu da salgınlardaki farklılıkların muhtemelen diğer faktörlerden kaynaklandığını ve SARS-CoV-2’nin aerosol ve fomit iletiminin makul olduğunu gösterir.  Virüs, aerosollerde saatlerce ve günlere kadar yüzeylerde (aşılama kulübesine bağlı olarak) yaşayabilir ve bulaşıcı kalabilir.

Hücre Tropizmi , ACE tanımı

Chu H, Chan JF, Wang Y, vd. İnsan akciğerlerinde SARS-CoV-2 ve SARS-CoV’nin karşılaştırmalı replikasyon ve bağışıklık aktivasyon profilleri:  COVID-19’un patogenezi için sonuçları olan bir ex vivo çalışma. Clin Infect Dis.  2020 9 Nisan. Pii: 5818134. PubMed: https://pubmed.gov/32270184. Tam metin: https://doi.org/10.1093/cid/ciaa410

COVID-19 ve SARS’ın farklı klinik özelliklerini açıklayan zarif bir çalışmadır. Her iki SARS-CoV’den hücre enfeksiyonu, tür tropizmi, replikasyon kinetiği ve virüs kaynaklı hücre hasarının canlı bulaşıcı virüs partikülleri kullanılarak araştırılması anlatılmıştır. SARS-CoV-2, insan pulmoner hücrelerinde daha verimli bir şekilde çoğaldı, bu da SARS-CoV-2’nin insanlara daha iyi adapte olduğunu gösteriyor. SARS-CoV-2, bağırsak hücrelerinde önemli ölçüde daha az tekrarladı (SARS ile karşılaştırıldığında daha düşük ishal sıklığını açıklayabilir), ancak nöronal hücrelerde daha iyi, nörolojik belirtiler potansiyelini vurguladı.

 

Hou YJ, Okuda K, Edwards CE, et al. SARS-CoV-2 Reverse Genetics Reveals a Variable Infection Gradient in the Respiratory Tract. Cell, May 26, 2020. Full-text: https://doi.org/10.1016/j.cell.2020.05.042

Bu çalışma, ACE2 reseptör ekspresyonu ve burun içindeki SARS-CoV-2 enfektivitesindeki farklılıkları (yüksek) periferik akciğere (düşük) seviye olarak doğrulamıştır. Burun boşluğu, aspirasyon yoluyla akciğerin tohumlanmasına aracılık eden ilk yer ise, bu çalışmalar, aerosol, büyük damlacık ve / veya burun pasajlarına mekanik maruz kalmayı önlemek için maskelerin yaygın olarak kullanılmasını savunur.

 

Hui KPY, Cheung MC, Perera RAPM, et al. Tropism, replication competence, and innate immune responses of the coronavirus SARS-CoV-2 in human respiratory tract and conjunctiva: an analysis in ex-vivo and in-vitro cultures. Lancet Respir Med. 2020 May 7. PubMed: https://pubmed.gov/32386571. Full-text: https://doi.org/10.1016/S2213-2600(20)30193-4

Bulaşıcılık ve patogenez hakkında daha fazla bilgi bulunmaktadır. Ex vivo kültürleri kullanan yazarlar, SARS-CoV-2’nin insan solunum sisteminde ve konjonktivadaki doku ve hücresel tropizmini diğer koronavirüslere kıyasla değerlendirmiştir. Bronşta ve konjonktivada SARS-CoV-2 replikasyon yeterliliği SARS-CoV’den daha yüksekti. Akciğerde SARS-CoV ile benzerdi ancak MERS-CoV’den daha düşüktür.

 

Shang J, Ye G, Shi K. Structural basis of receptor recognition by SARS-CoV-2. Nature 2020, March 30. Full-text: https://doi.org/10.1038/s41586-020-2179-y.

SARS-CoV-2 hACE2’yi ne kadar iyi tanır? Diğer koronavirüslerden daha iyi. SARS-CoV ve RaTG13 (yarasalardan izole edilmiş) ile karşılaştırıldığında, ACE2-bağlanma afinitesi daha yüksektir. SARS-CoV-2 RBM’de fonksiyonel olarak önemli epitoplar, vücut karşıtı ilaçları nötralize ederek potansiyel olarak hedeflenebilecek şekilde tarif edilmiştir.

 

Sungnak W, Huang N, Bécavin C,et al. SARS-CoV-2 entry factors are highly expressed in nasal epithelial cells together with innate immune genes. Nature Medicine, Published: 23 April 2020. Full-text: https://www.nature.com/articles/s41591-020-0868-6

Önceki çalışmalarda gösterilen çoklu dokularda ACE2’nin baskılanmasını teyit eden bir başka zarif çalışma, burun epitelyumu ve korneası ve TMPRSS2 ile birlikte ekspresyonu dahil olmak üzere daha önce araştırılmamış dokular hakkında bilgi eklemiştir. Potansiyel tropizm, sağlıklı insan donörlerinden alınan çoklu dokulardan tek hücreli RNA sekanslama verilerinde viral girişle ilişkili genlerin ekspresyonunun araştırılması yoluyla analiz edildi. Bu transkriptler, SARS-CoV-2 iletiminin yüksek verimliliğini potansiyel olarak açıklayan spesifik solunum, kornea ve bağırsak epitel hücrelerinde bulundu.

 

Wang X, Xu W, Hu G, vd. SARS-CoV-2, T lenfositlerine başak protein aracılı membran füzyonu yoluyla bulaşır. Celi Mol Immunol. 2020 7 Nisan. Pii: 10.1038 / s41423-020-0424-9.  PubMed: https://pubmed.gov/32265513. Tam metin: https://doi.org/10.1038/s41423-020-0424-9

SARS-CoV-2’nin de T hücrelerini enfekte edip edemeyeceği ve lenfositopeniye neden olup olmadığı belirsizliğini koruyor.  Psödovirüslü bir model kullanarak, yazarlar SARS-CoV-2’nin T proteinlerini S protein aracılı membran füzyonu yoluyla enfekte ettiğini (ancak çoğalmadığını) gösterdi.  T hücre çizgileri SARS-CoV ile karşılaştırıldığında SARS-CoV-2 enfeksiyonuna karşı anlamlı derecede daha duyarlıydı. Dikkat çekici bir şekilde, yeni bir reseptörün T hücrelerine SARS-CoV-2 girişine aracılık edebileceğini gösteren çok düşük bir hACE2 ekspresyon seviyesi bulunmuştur.

Spike Proteini Ve Hücre Girişi

Chu H, Chan JF, Wang Y, vd. İnsan akciğerlerinde SARS-CoV-2 ve SARS-CoV’nin karşılaştırmalı replikasyon ve bağışıklık aktivasyon profilleri:  COVID-19’un patogenezi için sonuçları olan bir ex vivo çalışma. Clin Infect Dis. 2020 9 Nisan. PubMed: https://pubmed.gov/32270184. Tam metin: https://doi.org/10.1093/cid/ciaa410

İnsan akciğer dokularında SARS-CoV-2 ve SARS-CoV enfeksiyonunun replikasyon kapasitesi ve bağışıklık aktivasyon profili üzerinde hücre deneyleri.  Her iki virüs de hücre tropizminde benzerdi, hem hedefleme tipleri I ve II pnömositler hem de alveolar makrofajlar vardı. Üretilen SARS-CoV-2, enfekte olmuş akciğer dokularından SARS-CoV’ninkinden 3.20 kat daha bulaşıcı virüs partikülleri katlar.

Cutard B, Valle C, de Lamballerie X, Canard B, Seidah NG, Decroly E.  Antiviral Res. 2020 Nisan; 176: 104742. PubMed: https://pubmed.gov/32057769. Tam metin: https://doi.org/10.1016/j.antiviral.2020.104742

Diğer SARS benzeri CoV’lerde bulunmayan SARS-CoV-2’nin Spike proteininde kendine özgü furin benzeri bir bölünme bölgesinin tanımlanması. Antivirallerin gelişimi için potansiyel ima.

Hoffmann M, Kleine-Weber H, Schroeder S, vd. SARS-CoV-2 Hücre Girişi ACE2 ve TMPRSS2’ye bağlıdır ve Klinik Olarak Kanıtlanmış Proteaz İnhibitörü tarafından Engellenir. Hücre.  2020 4. Mar. Pii: S0092-8674 (20) 30229-4. PubMed: https://pubmed.gov/32142651. Tam metin: https://doi.org/10.1016/j.cell.2020.02.052

Bu çalışma viral girişin nasıl gerçekleştiğini göstermektedir. SARS-CoV-2, giriş için SARS-CoV reseptörü ACE2’yi ve S proteini için serin proteaz TMPRSS2’yi kullanır. Ayrıca, iyileşen SARS hastalarından alınan serumlar, SARS-2-S güdümlü girişi çapraz nötralize etmiştir.

 

Lan J, Ge J, Yu J, vd. ACE2 reseptörüne bağlı SARS-CoV-2 başak reseptör bağlanma bölgesinin yapısı. Doğa.  Yayın tarihi: 30 Mart 2020. Tam metin: https://www.nature.com/articles/s41586-020-2180-5

SARS-CoV-2 RBD ve ACE2 etkileşimini daha yüksek bir çözünürlük / atom düzeyinde açıklamak için yazarlar X-ışını kristalografisini kullandılar.  Bağlanma modu, her iki virüsün yakınsak bir evrimini savunan SARS-CoV’ye çok benziyordu.  RBD’yi hedefleyen iki SARS-CoV antikorunun epitopları da, çapraz reaktif antikorların gelecekteki tanımlanmasına ilişkin kavrayışlar sağlayan SARS-CoV-2 RBD ile analiz edildi.

 

Letko M, Marzi A, Munster V. SARS-CoV-2 ve diğer soy B betacoronavirüsleri için hücre girişi ve reseptör kullanımının fonksiyonel değerlendirmesi. Nat Microbiol. 2020 Nisan; 5 (4): 562-569. PubMed: https://pubmed.gov/32094589. Tam metin: https://doi.org/10.1038/s41564-020-0688-y

Büyük virüs gruplarının zoonotik potansiyel için işlevsel olarak test edilmesine izin veren hızlı ve uygun maliyetli bir platform kullanarak viral giriş üzerinde önemli çalışma. Viral giriş sırasında konak proteaz işleme, birkaç soy B virüsü için önemli bir engeldir. Bununla birlikte, bu bariyeri atlamak, birkaç koronavirüsün bilinmeyen bir reseptör yoluyla insan hücrelerine girmesine izin verir.

 

Monteil V, Kwon H, Patricia Prado P, vd. Klinik düzeyde çözünür insan ACE2 kullanılarak tasarlanmış insan dokularında SARS-CoV-2 enfeksiyonlarının inhibisyonu. Hücre 2020. DOI: 10.1016 / j.cell.2020.04.004. https://www.cell.com/pb-assets/products/coronavirus/CELL_CELL-D-20-00739.pdf

Bu çalışma, insan rekombinant çözünür ACE2’nin (hrsACE2) farklı hücrelerin, insan kan damarı organoidlerinin ve insan böbrek organoidlerinin SARS-CoV-2 enfeksiyonlarını bloke ettiğini göstermektedir.  ARDS hastalarında hrsACE2 çok çeşitli dozlarda etkisiz ancak güvenlidir. Apeiron Biologics, Nisan ayında 200 COVID-19 hastası üzerinde sıradan (random) bir çalışma planlıyor.

 

Ou X, Liu Y, Lei X, vd. SARS-CoV-2’nin başak glikoproteininin virüs girişi üzerindeki karakterizasyonu ve SARS-CoV ile bağışıklık çapraz reaktivitesi. Nat Commun. 2020 27 Mart 11 (1): 1620.  PubMed: https://pubmed.gov/32221306. Tam metin: https://doi.org/10.1038/s41467-020-15562-9

Viral giriş ve SARS-CoV ile SARS-CoV-2 arasında (sınırlı) çapraz nötralizasyon hakkında daha fazla bilgi.

 

Shang J, Ye G, Shi K.SARS-CoV-2 tarafından reseptör tanımanın yapısal temeli. Nature 2020, 30 Mart. https://doi.org/10.1038/s41586-020-2179-y

SARS-CoV-2 hACE2’yi ne kadar iyi tanır?  Diğer koronavirüslerden daha iyi. SARS-CoV ve RaTG13 (yarasalardan izole edilmiş) ile karşılaştırıldığında, ACE2-bağlanma afinitesi daha yüksektir.  SARS-CoV-2 RBM’deki fonksiyonel olarak önemli epitoplar, potansiyel olarak antikor ilaçlarının nötralize edilmesiyle hedeflenebilecek şekilde tarif edilmiştir.

 

Wang Q, Zhang Y, Wu L, vd. İnsan ACE2 Kullanarak SARS-CoV-2 Girişinin Yapısal ve Fonksiyonel Temelleri. Hücre. 2020 7 Nisan 7. pii: S0092-8674 (20) 30338-X.  PubMed: https://pubmed.gov/32275855. Tam metin: https://doi.org/10.1016/j.cell.2020.03.045

İnsan ACE2 ile kompleks halinde SARS-CoV-2 başak proteininin C-terminal alanının kristal yapısının atomik detayları sunulmaktadır. SARS-CoV-2’nin hACE2 bağlanma modu, SARS-CoV’ye benzer görünmektedir, ancak bazı önemli kalıntı ikameleri etkileşimi hafifçe güçlendirir ve reseptör bağlanması için daha yüksek afiniteye yol açar.  Antikor deneyleri, SARS-CoV ve SARS-CoV-2 arasındaki antijenisitede önemli farklılıklar olduğunu gösterdi.

 

Watanabe Y, Allen JD, Wrapp D, McLellan JS, Crispin M. Site-specific glycan analysis of the SARS-CoV-2 spike. Science. 2020 May 4. PubMed: https://pubmed.gov/32366695. Full-text: https://doi.org/10.1126/science.abb9983

Zarf sivri yüzeyi, konakçı kaynaklı glikanlarla domine edilir. Bu glikonlar, spesifik epitopları antikor nötralizasyonundan koruyarak bağışıklık kaçırmalarını kolaylaştırır. SARS-CoV-2 S geni, protomer başına 22 N-bağlı glikan sekansını kodlar. Alana özgü bir kütle spektrometrik ap-yaklaşımı kullanarak, yazarlar bu glikan yapılarını rekombinant SARS-CoV-2 S immünojeni üzerinde ortaya çıkarır.

 

Yan R, Zhang Y, Li Y, Xia L, Guo Y, Zhou Q. SARS-CoV-2’nin tam uzunlukta insan ACE2 tarafından tanınması için yapısal temel. Bilim. 2020 27 Mart 367 (6485): 1444-1448. PubMed: https://pubmed.gov/32132184. Tam metin: https://doi.org/10.1126/science.abb2762

Kriyo-elektron mikroskopisi kullanılarak SARS-CoV-2’nin insan hücrelerine nasıl bağlandığı gösterilmiştir. Viral girişteki ilk adım, viral trimerik başak proteininin insan reseptörü anjiyotensin dönüştürücü enzim 2’ye (ACE2) bağlanmasıdır. Yazarlar, insan ACE2’nin yapısını, şaperonları olan B0AT1 ile bir membran proteini ile kompleks halinde sunarlar. Yapılar, bu önemli etkileşimi hedefleyen terapötiklerin geliştirilmesi için bir temel sağlar.

 

Yuan M, Wu NC, Zhu X, vd. SARS-CoV-2 ve SARS-CoV reseptör bağlanma alanlarında yüksek oranda korunmuş bir şifreli epitop. Bilim. 2020 3 Nisan. Pii: science.abb7269.  PubMed: https://pubmed.gov/32245784. Tam metin: https://doi.org/10.1126/science.abb7269

Antikor tanıma ve SARS-CoV-2’nin humoral yanıtla nasıl hedeflenebileceğine dair bilgiler, SARS-CoV ve SARS-CoV-2 arasında paylaşılan korunmuş bir epitopu ortaya çıkarır.  Bu epitop aşılar ve çapraz koruyucu antikorların geliştirilmesi için kullanılabilir.

 

Zhang L, Lin D, Sun X, vd. SARS-CoV-2 ana proteazının kristal yapısı, gelişmiş alfa-ketoamid inhibitörlerinin tasarımı için bir temel sağlar. Bilim. 2020 20 Mart. PubMed: https://pubmed.gov/32198291. Tam metin: https://doi.org/10.1126/science.abb3405

Viral RNA’dan tercüme edilen poliproteinlerin işlenmesi için gerekli olan SARS-CoV-2’nin ana proteazının (Mpro, 3CLpro) X-ışını yapılarının açıklaması. Bir Mpro kompleksi ve optimize edilmiş bir proteaz a-ketoamid inhibitörü de açıklanmaktadır.

ACE ye bağlanma

Lan J, Ge J, Yu J, et al. Structure of the SARS-CoV-2 spike receptor-binding domain bound to the ACE2 receptor. Nature. Published: 30 March 2020. Full-text: https://www.nature.com/articles/s41586-020-2180-5

SARS-CoV-2 RBD ve ACE2 etkileşimini daha yüksek bir çözünürlük / atom düzeyinde açıklamak için yazarlar X-ışını kristalografisini kullandılar. Bağlanma modu, her iki virüsün yakınsak bir evrimini savunan SARS-CoV’ye çok benziyordu. RBD’yi hedefleyen iki SARS-CoV an-tibodyumu epitopu da SARS-CoV-2 RBD ile analiz edildi ve çapraz reaktif antikorların gelecekteki tanımlanmasına ilişkin görüşler sağlandı.

 

Wang Q, Zhang Y, Wu L, et al. Structural and Functional Basis of SARS-CoV-2 Entry by Using Human ACE2. Cell. 2020 Apr 7. PubMed: https://pubmed.gov/32275855. Full-text: https://doi.org/10.1016/j.cell.2020.03.045

İnsan ACE2 ile kompleks halinde SARS-CoV-2 başak proteininin C-terminal alanının kristal yapısının atomik detayları sunulmaktadır. SARS-CoV-2’nin hACE2 bağlanma modu, SARS-CoV’ye benzer görünmektedir, ancak bazı önemli kalıntı ikameleri etkileşimi hafifçe güçlendirir ve reseptör bağlanması için daha yüksek afiniteye yol açar. Bir tibody deneyleri, SARS-CoV ve SARS-CoV-2 arasındaki antijenisitede dikkate değer farklılıklar olduğunu gösterdi.

 

Yan R, Zhang Y, Li Y, Xia L, Guo Y, Zhou Q. Structural basis for the recognition of SARS-CoV-2 by full-length human ACE2. Science. 2020 Mar 27;367(6485):1444-1448. PubMed: https://pubmed.gov/32132184. Full-text: https://doi.org/10.1126/science.abb2762

Kriyo-elektron mikroskopisi kullanan bu yazı, SARS-CoV-2’nin insan hücrelerine nasıl bağlandığını göstermektedir. Viral girişteki ilk adım, viral trimerik başak proteininin insan reseptörü anjiyotensin dönüştürücü enzim 2’ye (ACE2) bağlanmasıdır. Yazarlar, insan ACE2’nin yapısını, şaperonları olan B0AT1 ile bir membran proteini ile kompleks halinde sunarlar. Yapılar, bu önemli etkileşimi hedefleyen terapötiklerin geliştirilmesi için bir temel sağlar.

Hücre Girişi

Hoffmann M, Kleine-Weber H, Schroeder S, et al. SARS-CoV-2 Cell Entry Depends on ACE2 and TMPRSS2 and Is Blocked by a Clinically Proven Protease Inhibitor. Cell. 2020 Mar 4. PubMed: https://pubmed.gov/32142651. Fulltext: https://doi.org/10.1016/j.cell.2020.02.052

Bu çalışma viral girişin nasıl gerçekleştiğini göstermektedir. SARS-CoV-2, giriş için SARS-CoV reseptörü ACE2’yi ve S proteini için serin proteaz TMPRSS2’yi kullanır. Ek olarak, iyileşen SARS hastalarından alınan serumlar, SARS-2-S güdümlü girişi çapraz nötralize etmiştir.

 

Letko M, Marzi A, Munster V. Functional assessment of cell entry and receptor usage for SARS-CoV-2 and other lineage B betacoronaviruses. Nat Microbiol. 2020 Apr;5(4):562-569. PubMed: https://pubmed.gov/32094589. Full-text: https://doi.org/10.1038/s41564-020-0688-y

Büyük virüs gruplarının zoonotik potansiyel için işlevsel olarak test edilmesine izin veren hızlı ve uygun maliyetli bir platform kullanarak viral giriş üzerinde önemli bir çalışma. Viral giriş sırasında konak proteaz işleme, birkaç soy B virüsü için önemli bir engeldir. Bununla birlikte, bu bariyeri atlamak, birkaç koronavirüsün bilinmeyen bir reseptör yoluyla hu-man hücrelerine girmesine izin verir.

 

Ou X, Liu Y, Lei X, et al. Characterization of spike glycoprotein of SARS-CoV-2 on virus entry and its immune cross-reactivity with SARS-CoV. Nat Commun. 2020 Mar 27;11(1):1620. PubMed: https://pubmed.gov/32221306. Fulltext: https://doi.org/10.1038/s41467-020-15562-9

Viral giriş ve SARS-CoV ile SARS-CoV-2 arasında (sınırlı) çapraz nötralizasyon hakkında daha fazla bilgi bulunmakta.

 

Yuan M, Wu NC, Zhu X, et al. A highly conserved cryptic epitope in the receptor-binding domains of SARS-CoV-2 and SARS-CoV. Science. 2020 Apr 3. PubMed: https://pubmed.gov/32245784. Full-text: https://doi.org/10.1126/science.abb7269

Antikor tanıma ve SARS-CoV-2’nin humoral tepki ile nasıl hedeflenebileceğine dair bilgiler, SARS-CoV ve SARS-CoV-2 arasında paylaşılan korunmuş bir epitopu ortaya çıkarır. Bu epitop aşılar ve çapraz koruyucu antikorların geliştirilmesi için kullanılabilir.

 

Zhang L, Lin D, Sun X, et al. Crystal structure of SARS-CoV-2 main protease provides a basis for design of improved alpha-ketoamide inhibitors. Science. 2020 Mar 20. PubMed: https://pubmed.gov/32198291. Fulltext: https://doi.org/10.1126/science.abb3405

VI-ral RNA’sından çevrilen pol-yproteinlerin işlenmesi için gerekli olan     SARS-CoV-2’nin ana proteazının (Mpro, 3CLpro) X-ışını yapılarının açıklamasıdır. Bir Mpro kompleksi ve optimize edilmiş bir proteaz a-ketoamid inhibitörü de açıklanmaktadır.

RNA’ya Bağlı RNA Polimeraz (Rdrp)

Gao Y, Yan L, Huang Y, vd. COVID-19 virüsünden RNA’ya bağlı RNA polimerazın yapısı. Bilim. 2020 10 Nisan. Pii: science.abb7498.  PubMed: https://pubmed.gov/32277040. Tam metin: https://doi.org/10.1126/science.abb7498

Kriyojenik elektron mikroskobu kullanarak yazarlar, viral replikasyon makinesinin bir başka merkezi enzimi olan RNA’ya bağlı RNA polimerazın yapısını tarif eder. Remdesivir ve sofosbuvirin bu polimeraza nasıl bağlandığı da gösterilmiştir.

 

Hillen HS, Kokic G, Farnung L et al. Structure of replicating SARS-CoV-2 polymerase. Nature 2020. Full-text: https://doi.org/10.1038/s41586-020-2368-8

SARS-CoV-2 RdRp’nin aktif formdaki kriyo-elektron mikroskobik yapısı, replike edici enzimi taklit eder. Nsp8’deki uzun heli-cal uzantıları, mevcut RNA boyunca çıkıntı yaparak pozitif yüklü ‘kayan kutuplar’ oluşturur. Bu kayan kutuplar, uzun koronavirüs genomunu çoğaltmak için gerekli olan RdRp’nin bilinen işleyişini açıklayabilir. Güzel bir video, çoğaltma makinesinin animasyonunu sunar.

Hayvan ve Hayvan Modelleri

Bao L, Deng W, Huang B, et al. The pathogenicity of SARS-CoV-2 in hACE2 transgenic mice. Nature. 2020 May 7. PubMed: https://pubmed.gov/32380511. Full-text: https://doi.org/10.1038/s41586-020-2312-y

İnsanlar ACE2 taşıyan ve SARS-CoV-2 ile enfekte olmuş transgenik farelerde, virüsün patojenitesi göstermiştir. Bu fare modeli, antiviral terapötikleri ve aşıları değerlendirmenin yanı sıra COVID-19’un patogenezini anlamak için de değerli olacaktır.

 

Chan JF, Zhang AJ, Yuan S, et al. Simulation of the clinical and pathological manifestations of Coronavirus Disease 2019 (COVID-19) in golden Syrian hamster model: implications for disease pathogenesis and transmissibility. Clin Infect Dis. 2020 Mar 26. PubMed: https://pubmed.gov/32215622. Fulltext: https://doi.org/10.1093/cid/ciaa325

SARS-CoV-2’ye karşı bulaşma, patogenez, tedavi ve aşılamayı incelemek için önemli bir araç olarak hazır bir hamster modeli bulunmaktadır.

Chandrashekar A, Liu J, Martinot AJ, et al. SARS-CoV-2 infection protects against rechallenge in rhesus macaques. Science. 2020 May. PubMed: https://pubmed.gov/32434946. Full-text: https://doi.org/10.1126/science.abc4776

Makaklarda yeniden enfeksiyon yok. İyon içi viral klerensi takiben, 35. günde primer enfeksiyon için kullanılan aynı dozda virüsle 9 rhesus makakına yeniden meydan okundu. Tekrar mücadeleden sonraki 1. günde BAL’da çok sınırlı viral RNA gözlenmiştir, sonraki zaman noktalarında viral RNA saptanmamıştır. Bu veriler, SARS-CoV-2 enfeksiyonunun insan olmayan primatlarda yeniden maruz kalmaya karşı koruyucu bağışıklık oluşturduğunu göstermektedir.

 

Halfman PJ, Hatta M, Chiba S, et al. Transmission of SARS-CoV-2 in Domestic Cats. NEJM May 13, 2020. Full-text: https://www.nejm.org/doi/full/10.1056/NEJMc2013400

Üç evcil kedi SARS-CoV-2 ile aşılanmıştır. Bir gün sonra, enfekte olmamış bir kedi aşılanmış kedilerin her biri ile birlikte aynı ortama yerleştirildi. Altı kedinin hepsi enfekte oldu ve antikor titreleri geliştirdi, ancak hiçbiri herhangi bir semptom göstermedi. Kediler sessiz bir ara konak olabilir.

 

Rockx B, Kuiken T, Herfst S, et al. Comparative pathogenesis of COVID-19, MERS, and SARS in a nonhuman primate model. Science  17 Apr 2020. Full text: https://science.sciencemag.org/content/early/2020/04/16/science.abb7314

Makaklar terapötik stratejileri test etmek için bir model olarak kullanılabilir. Virüs klinik işaretlerin yokluğunda burun ve boğazdan örnek alındı ve yaygın alveolar hasar odaklarında ve nazal, bronşiyal ve bronşiyoz mukozanın siliyer epitel hücrelerinde tip I ve II pnömositlerinde tespit edildi. SARS-CoV enfeksiyonunda, akciğer le-iyonları tipik olarak daha şiddetliyken, virüsün esas olarak tip II pnömositlerde tespit edildiği MERS-CoV enfeksiyonunda daha hafifti.

 

Munster  VJ, Feldmann F, Williamson BN, et al. Respiratory disease in rhesus macaques inoculated with SARS-CoV-2. Nature 2020. Full-text: https://doi.org/10.1038/s41586-020-2324-7

SARS-CoV-2 8-16 gün süren 8 rhesus makakında solunum hastalığına neden oldu. Swaplarda ve bronkoalveoler lavajlarda yüksek viral yükler tespit edildi. Bu “model” virüs replikasyonu ve dökülmesi, pulmoner infiltratların varlığı, histolojik-lezyonlar ve serokonversiyon açısından COVID-19’u tekrar özetlemektedir.

 

Sia SF, Yan L, Chin AWH. et al. Pathogenesis and transmission of SARS-CoV-2 in golden hamsters. Nature 2020. Full-text: https://doi.org/10.1038/s41586-020-2342-5

Çoğu durumda, maymunlara ihtiyacınız yoktur. Altın Suriye hamsterları da işe yarayabilir. SARS-CoV-2, doğrudan temas ve aerosoller yoluyla aşılanmış hamsterlerden saf hamsterlara verimli bir şekilde bulaşır. Kirli kafeslerde fomitler yoluyla bulaşma daha az verimlidir. Aşılanmış ve doğal olarak enfekte olmuş hamsterler belirgin kilo kaybı gösterdi ve tüm hayvanlar nötralize edici antikorların tespiti ile iyileşti.

 

Sit TH, Brackman CJ, Ip SM et al. Infection of dogs with SARS-CoV-2. Nature 2020. Full-text: https://www.nature.com/articles/s41586-020-2334-5

Hong Kong’da COVID-19 vakası doğrulanmış hanelerden on beş köpeğin (bir Pomeranian ve bir Alman Çoban) iki tanesinin enfekte olduğu bulundu. Her iki köpek de asemptomatik hale geldi ancak daha sonra plak redüksiyon nötralizasyon deneyleri kullanılarak tespit edilen antikor tepkileri geliştirdi. Genetik analiz, köpeklerin virüsü sahiplerinden yakaladığını ileri sürdü. Enfekte köpeklerin virüsü diğer hayvanlara mı yoksa insanlara geri iletip bulaştıramayacağı hala belirsizliğini koruyor.

Aşı (İmmunolojiye de bakabilirsiniz)

Le TT, Andreadakis Z, Kumar A, et al. The COVID-19 vaccine development landscape. Nature reviews drug discovery. 09 April 2020. Full-text: https://www.nature.com/articles/d41573-020-00073-5.

Yedi uzman tarafından kısa veri odaklı genel bakış. Sonuç, ölçek ve hız yönünden emsali görülmediği ve aşının 2021’in başlarında mevcut olabileceğine dair bir işaret olduğu sonucudur. 8 Nisan 2020’den itibaren, küresel aşı land-scape 115 aday içerir, bunlardan en gelişmiş 5 adaylar Moderna’dan mRNA-1273, CanSino Biologics’ten Ad5-nCoV, Ino-vio’dan INO-4800, LV-SMENP-DC ve Shenzhen Geno-Immune Medical Institute’tan patojene özgü aAPC dahil olmak üzere klinik gelişime hazır hale getirildi. Yarış başladı!

Patogenez (İmmunolojiye ayrıca bakabilirsiniz)

Blanco-Melo D, Nilsson-Payant BE, Liu WC, et al. Imbalanced Host Response to SARS-CoV-2 Drives Development of COVID-19. Cell May 15, 2020. Full-text: https://doi.org/10.1016/j.cell.2020.04.026

Hücre dizileri, primer hücre kültürleri, yaban gelinciği ve COVID-19 hastalarında SARS-CoV-2 ve diğer insan solunum yolu virüslerine karşı konak yanıtının inanılmaz derinlemesine analizi yapılmıştır. Veriler, SARS-CoV-2’ye, adaptif immün yanıtın aktivasyonuna karşı virüs replikasyonunun kontrol edilmesi açısından dengesiz olan benzersiz ve uygunsuz bir enflamatuar yanıtı sürekli olarak ortaya koydu. Yüksek kemokinlere ve yüksek IL-6 ekspresyonuna bitişik düşük tip I ve III interferon seviyeleri ile tanımlanır. Yazarlar, coşkulu inflamatuar sitokin üretimi ile birlikte azalan doğuştan gelen antiviral savunmanın COVID-19’un tanımlayıcı ve itici özellikleri olduğunu öne sürmektedir. Bu dinamik göz önüne alındığında, COVID-19 tedavilerinin IFN tepkisi ile daha az ve iltihabı kontrol etmekle daha fazla ilişkisi vardır.

 

Bordoni V, Sacchi A, Cimini E. An inflammatory profile correlates with decreased frequency of cytotoxic cells in COVID-19. Clinical Infectious Diseases 2020, May 15. Full-text: https://doi.org/10.1093/cid/ciaa577

Enflamatuar aracılarda artış, doğuştan gelen ve uyarlanabilir sitotoksik antiviral fonksiyonun azalması ile ilişkilidir. Yazarlar 7 yoğun bakım ünitesi (YBÜ) hastasında YBÜ olmayan 41 hastaya göre daha düşük bir performans + NK hücre sayısı bulmuş ve bu da patojenik bir mekanizma olarak bağışıklık sitotoksik kolunda bir bozukluk olduğunu düşündürmektedir.

 

Grifoni A, Weiskopf D, Ramirez SI, et al. Targets of T cell responses to SARS-CoV-2 coronavirus in humans with COVID-19 disease and unexposed individuals. Cell 2020. Full-text:  https://doi.org/10.1016/j.cell.2020.05.015

Hücresel cevap önemli bir bilgi boşluğudur. Bu önemli çalışma, 20 COVID-19 iyileşmiş hastanın sırasıyla % 70-100’ünde dolaşımdaki SARS-CoV-2’ye özgü CD8 ve CD4 T hücrelerini tanımladı. Başak proteinine CD4 T hücresi tepkileri sağlamdı ve IgG titrelerinin büyüklüğü ile korele idi. Dikkat çeken yazarlar, maruz kalmayan bireylerin% 40-60’ında SARS-CoV-2 − reaktif CD4 T hücrelerini tespit etmiş ve bu da dolaşımdaki mevsimsel koronavirüsler ile SARS-CoV-2 arasında çapraz reaktif T hücresi tanınmasını önermektedir.

 

Li H, Liu L, Zhang D, et al. SARS-CoV-2 and viral sepsis: observations and hypotheses. Lancet. 2020 May 9;395(10235):1517-1520. PubMed: https://pubmed.gov/32311318. Full-text: https://doi.org/10.1016/S0140-6736(20)30920-X

SARS-CoV-2 patogenezi hakkında birkaç kısa ama güzel hipotezin incelemesi. İkinci hafta boyunca ne olur – akciğer enflamatuar yanıtlarını başlatan konatçı makrofajların SARS-CoV-2 enfeksiyonundan sonra virüsü içerememesi ve hem doğal hem de adaptif immün yanıtların viral replikasyonu engellemek için yetersiz olması, hasta çabucak iyileşir mi?

 

Shen B, Yi X, Sun Y, et al. Proteomic and Metabolomic Characterization of COVID-19 Patient Sera. Cell May 27, 2020. Full-text: https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0092867420306279

SARS-CoV-2 enfeksiyonunun patogenezi icindeki moleküller hakkinda. Yazarlar, COVID-19 hastalarından ve çeşitli kontrol gruplarından serumun proteomunu ve metabolomunu analiz etmek için proteomik ve metabolomik teknolojileri uyguladılar. 93 farklı şekilde eksprese edilen proteinin yol analizleri ve ağ zenginleştirme analizleri, bu proteinlerin 50’sinin tamamlayıcı sistemin aktivasyonu, makrofaj fonksiyonu ve trombosit degranülasyonu olmak üzere üç ana yola ait olduğunu göstermiştir. Proteomik analizde ortaya konan üç biyolojik sürece 80 önemli ölçüde değiştirilmiş metabolitin dahil olduğu bulunmuştur.

 

Tay MZ, Poh CM, Rénia L et al. The trinity of COVID-19: immunity, inflammation and intervention. Nat Rev Immunol (2020). Full-text: https://www.nature.com/articles/s41577-020-0311-8

SARS-CoV-2 enfeksiyonu patofizyolojisine mükemmel bir bakış. SARS-CoV-2’nin bağışıklık sistemi ile nasıl etkileşime girdiği, disfonksiyonel bağışıklık yanıtlarının hastalığın ilerlemesine nasıl katkıda bulunduğu ve nasıl tedavi edilebileceği.

 

Vabret N, Britton GJ, Gruber C, et al. Immunology of COVID-19: current state of the science.  Immunity 2020, May 05. Full-text: https://www.cell.com/immunity/fulltext/S1074-7613(20)30183-7

SARS-CoV-2 enfeksiyonu ve hastalık şiddeti ve ölümüne büyük olasılıkla katkıda bulunan immünolojik yollar tarafından ortaya konan, doğuştan gelen ve uyarlanabilir bağışıklık tepkileri hakkındaki mevcut bilgiler üzerine fantastik bir derleme.

Diğer Önemli Yayınlar

Chan JF, Zhang AJ, Yuan S, vd. Altın Suriye hamster modelinde Coronavirus Hastalığı 2019’un (COVID-19) klinik ve patolojik belirtilerinin simülasyonu:  hastalık patogenezi ve bulaşıcılığı üzerindeki etkileri. Clin Infect Dis. 2020 26 Mart.  PubMed: https://pubmed.gov/32215622. Tam metin: https://doi.org/10.1093/cid/ciaa325

SARS-CoV-2’ye karşı bulaşma, patogenez, tedavi ve aşılamayı incelemek için önemli bir araç olarak hazır bir hamster modeli.

 

Le TT, Andreadakis Z, Kumar A, vd. COVID-19 aşı geliştirme ortamı.  Nature, ilaç keşfini gözden geçirir. 09 Nisan 2020. doi: 10.1038 / d41573-020-00073-5.  Tam metin: https://www.nature.com/articles/d41573-020-00073-5

Yedi uzman tarafından kısa veri odaklı genel bakış. Sonuç, çabaların ölçek ve hız açısından eşi görülmemiş bir durum olduğu ve 2021 yılı başında aşı yapılabileceğine dair bir belirti olduğu sonucuna varılmıştır.  8 Nisan 2020 itibariyle, küresel aşı manzarası, en gelişmiş 5 adayın Moderna’dan mRNA-1273, CanSino Biologics’ten Ad5-nCoV, Inovio’dan INO-4800, LV- Shenzhen Geno-Immune Medical Institute’tan SMENP-DC ve patojene özgü aAPC. Yarış başladı!

 

Monto AS, DeJonge P, Callear AP, vd. Michigan’daki hanelerin HIVE kohortunda koronavirüs oluşumu ve 8 yıldan fazla bulaşma. J Infect Dis. 2020 4 Nisan. Pii: 5815743.  PubMed: https://pubmed.gov/32246136. Tam metin: https://doi.org/10.1093/infdis/jiaa161

SARS-CoV-2’nin diğer insan koronavirüsleri (hCoV) gibi davranıp davranmadığı açık değildir.  Michigan’dan gelen çocuklar ve aileleri ile ilgili uzunlamasına bir gözetim kohort çalışması, hCoV enfeksiyonlarının keskin mevsimsel olduğunu ve Şubat ayında farklı HCoV tipleri (229E, HKU1, NL63, OC43) için bir tepe noktası olduğunu buldu. 8 yıl boyunca, Mart ayından sonra neredeyse hiç HCoV enfeksiyonu olmadı.

 

Thao TTN, Labroussaa F, Ebert N, et al. Rapid reconstruction of SARS-CoV-2 using a synthetic genomics platform. Nature. 2020 May 4. PubMed: https://pubmed.gov/32365353. Full-text: https://doi.org/10.1038/s41586-020-2294-9

Gelişen RNA virüsü varyantlarının hızlı üretimi ve fonksiyonel karakterizasyonunu mümkün kılan önemli bir teknik ilerleme. Yazarlar, çeşitli RNA virüslerini (boyut ve kararsızlık nedeniyle klonlamak ve manipüle etmek için külfetli olan) genetik olarak yeniden yapılandırmak için maya bazlı bir sentetik genomik platformunun işlevselliğini göstermektedir. Sentetik DNA fragmanlarının alınmasından sadece bir hafta sonra SARS-CoV-2’nin kimyasal olarak sentezlenmiş klonlarını tasarlayıp diriltebildiler.